การที่นกปากห่างยังถูกจัดเป็นนกที่เสี่ยงต่อการติดเชื้อไข้หวัดนกนั้น เนื่องจากการระบาดของไข้หวัดนก (Avian Influenza) ในประเทศไทยระหว่างปีพ.ศ. 2547 – 2548 เคยมีการตรวจพบเชื้อ Influenza virus ชนิด H5N1 ในนกปากห่าง จากพื้นที่ 6 แห่ง ได้แก่ บึงบอระเพ็ด จ.นครสวรรค์ (ก.พ.47, ต.ค.47, ก.พ.48, ธ.ค.48) อ.บางเลน จ.นครปฐม (ก.พ.47) ต.บ้านหว้า อ.บางปะอิน จ.พระนครศรีอยุธยา (ก.พ.47) เขตลาดกระบัง กรุงเทพฯ (ก.พ.47) อ.สองพี่สอง จ.สุพรรณบุรี (เม.ย.47) และ ต.ไผ่จําศีล อ.วิเศษชัยชาญ จ.อ่างทอง (ก.ย.48) แม้ว่าผลการตรวจ ตั้งแต่เดือนมกราคม 2549 - ปัจจุบัน ไม่พบเชื้อ H5N1 ในนกปากห่างอีกเลย แต่การที่นกปากห่างมีแหล่งทํารังวางไข่และแหล่งอาศัยหากิน อยู่ในพื้นที่เกษตรกรรมบริเวณเดียวกับพื้นที่ที่มีการเลี้ยงเป็ดไล่ทุ่ง ในภาคกลางและภาคเหนือตอนล่างซึ่งเป็นพื้นที่ที่พบการระบาดซ้ําซากของโรคไข้หวัดนก และส่วนใหญ่อยู่ใกล้แหล่งชุมชน ดังนั้นเมื่อมีการระบาดของโรคไข้หวัดนกจึงเป็นที่วิตกกังวลกันว่านกปากห่างอาจเป็นพาหะนําเชื้อได้นอกจากนี้ยังมีปัญหาที่นกปากห่างมักทํารังในบริเวณที่ราบลุ่มภาคกลางซึ่งเป็นพื้นที่เกษตรกรรม เรือกสวนไร่นา ทําให้ต้นไม้พืชผลเสียหาย ทั้งกลิ่นมูลนกในแหล่งทํารังวางไข่ที่อยู่ใกล้แหล่งชุมชน สร้างความเดือดร้อนรําคาญแก่ประชาชน ทําให้ทัศนคติที่มีต่อการอนุรักษ์นกปากห่างในปัจจุบันเปลี่ยนไปในทางลบ